Kamienica 39 o ile dobrze kojarzę to był to piękny hotel w Nowym Targu. Ale żeby nie było redaktor jak powiedział A to i powinien powiedzieć że : Podczas drugiej wojny światowej cmentarz stał się miejscem egzekucji. Do największej z nich doszło 30 sierpnia 1942 r., podczas likwidacji miejscowego getta. W tym dniu na cmentarzu Niemcy rozstrzelali według różnych źródeł od kilkuset do około 2000 osób. Ciała zamordowanych pochowano w zbiorowych mogiłach w miejscu kaźni.
W tym czasie rozpoczęła się dewastacja cmentarza, prowadzona przez Niemców i niektórych mieszkańców Nowego Targu. Macewy posłużyły do budowy Szkoły Dowódców Policji Bezpieczeństwa i Służby Bezpieczeństwa w Rabce, między innymi szerokich schodów prowadzących na plac apelowy. Na rozkaz komendanta szkoły Wilhelma Rosenbauma żydowscy robotnicy przymusowi układali je epitafiami do góry, a z nagrobków z czarnego marmuru wykonali orła - herb III Rzeszy. Świadkiem budowy i użytkowania schodów był Zdzisław Olszewski, który w 1997 r. napisał: "Hebrajskie napisy wyryte na płytach Schodów Rosenbauma oglądali z uznaniem i pękali ze śmiechu rozmaici dygnitarze SS, SA i SD, których Rosenbaum celowo zapraszał na te świętokradcze, hitlerowskie dziwowiska". Podczas eksterminacji nowotarskiej społeczności żydowskiej w 1942 r. kilkunastu Żydów zostało zmuszonych do usunięcia części nagrobków i wykopania w ich miejscu dołu na grób zbiorowy. W 1945 r. jednostka wojskowa w Nowym Targu użyła macew do utwardzenia lotniska. Proces dewastacji był kontynuowany także w latach późniejszych. Część macew wykorzystano do utwardzania ulic przy dawnym targowisku.